L`espèce Oenococcus kitaharae a été identifiée en 2006 par Endo et Okada, sur des résidus de distillation de Shōchū. Son nom a été donné en hommage au microbiologiste japonais Kakuo Kitahara. Contrairement à Oenococcus oeni, elle ne fermente pas l`acide malique en acide lactique.